1. 研究目的与意义
生物信息学是一门新兴的、正在迅速发展的交叉学科,它以计算机为工具，用数学及信息科学的理论和方法研究生命现象，对生物信息进行收集、加工、存储、检索和分析。
生物信息学的核心是基因组信息学，基因组学是研究生物基因组和如何利用基因的一门学问，该学科提供基因组信息以及相关数据系统，试图解决生物、医学和工业领域的重大问题。
近年来，在原核生物、真核生物以及古细菌中鉴定了许多ncrna(non-codingrna)，如小分子核仁rna(smallnucleolarrna,snorna)、小rna(microrna,mirna)、小干扰rna(shortinterferingrna,sirna)等，并发现它们具有多种功能，在多个水平上调节着基因的表达，如对染色体结构的影响，对rna加工修饰及稳定性的影响，对转录和翻译的影响，甚至对蛋白质的稳定性和转运都有影响。
2. 国内外研究现状分析
运用生物信息学的方法对植物的ncrna进行预测和研究是一种比较主流的研究方法。
在利用gene-finding软件预测基因编码区的同时，就尝试着用生物信息学方法对ncrna进行鉴定；但由于ncrna缺少编码蛋白质的基因所具有的典型特征，如启动子和终止子、开放阅读框、特异的剪切位点、多聚腺苷酸化位点和cg岛等，且ncrna基因较小，用于gene-finding软件的基序(motif)变动较大等，因此，到目前为止，还没有高效且通用的ncrna基因的预测算法。
现在能成功对ncrna预测的gene-finding编程软件一般被设计成只能搜索单一种类的ncrna，如trnascan-se搜索trna、snoscan搜索带c/d盒的snornas、snogps搜索带h/aca盒的snornas、mirscan搜索microrna等。
3. 研究的基本内容与计划
杨树和拟南芥的基因组数据相对完备，但柳树的基因组数据中还有很多信息没有挖掘，本课题通过比较杨树和拟南芥的全基因组数据，发现柳树中可能的ncrna，并通过转录组数据加以验证。
本课题是生物学与信息学的交叉，所以整个研究过程都要用到生物信息学的研究方法。
首先需要大量阅读生物信息学方面的书刊资料，了解该学科的基本研究方法，以及该领域的发展现状，为研究打下理论基础。
4. 研究创新点
ncrna具有多种多样的功能，它们在许多层面上调节着生物体遗传信息的表达。
最近的研究表明，ncrna比以前所想像的要丰富和重要的多，它们在转录调节，染色体复制，rna加工、修饰、mrna稳定性和翻译，甚至蛋白质降解和转运过程中都起作用。
常见的ncrna的研究方法有生物芯片分析法、基因组selex技术、质谱法、rna鉴定后技术等等，本课题采用的是生物信息学的方法，基于比较基因组技术，通过软件编程对柳树的ncrna进行预测，充分利用了已知物种的ncrna序列资料，大大减少了整体工作量，更能够有效的缩减研究成本，提高研究效率。
