1. 研究目的与意义
目的：序列多重比对的目标是发现多条序列的共性。通过集群技术可以快速的提高计算机处理速度。
意义：通过序列的多重比对，可以得到一个序列家族的序列特征。当给定一个新序列时，根据序列特征，可以判断这个序列是否属于该家族。
2. 国内外研究现状分析
对于多序列比对，现有的大多数算法都基于渐进比对的思想，在序列两两比对的基础上逐步优化多序列比对的结果。进行多序列比对后，可以对比对结果进行进一步处理，例如构建序列的特征模式。
虽然人们已经提出大量的比对算法，但是对于分歧较大的序列，比对的准确率以及算法的时间复杂度有待于提高。
3. 研究的基本内容与计划
1.3-4周 多序列比对的动态规划算法以及测试算法的准确性。
2.5-6周 配置好计算机环境（eclipse mingw gdb mpich）,系统 xp，并熟悉下mpi编程。
3.7-10周 在一台计算机上去模拟多核，实现多序列比对的算法，观察结果
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4. 研究创新点
1.利用dp思想来降低多序列比对的算法时间复杂度。
2.用多核处理来成倍提高运行速度。
3.选择较合适的评判多序列比对的标准。
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