叶绿体微卫星序列分析网站开发开题报告

1. 研究目的与意义

为方便微卫星序列分析，建设微卫星分析网站，根据用户提交的叶绿体基因组数据，通过分析，获得序列中微卫星的分布规律。

2. 国内外研究现状分析

1995年Powell等首次提出了叶绿体微卫星的概念，并在扭叶松，樟子松和黑松中选出了第一批cpSSR引物，成功地将其应用于松科植物的种质资源研究。

近年来，cpSSR技术迅速发展成为一种新型高效、操作简单的分子标记技术。由于其具有微卫星标记的操作简单，共显性，高多态性，分布广泛性等优点又兼顾到叶绿体基因组分子量小，结构简单，进化保守以及单亲遗传等特点，从历史和系统发育的角度解释生物多样性。因此该技术在研究领域得到广泛应用。

3. 研究的基本内容与计划

人类基因组dna有3109bp,其中10%是串联重复序列,称为卫星dna。

按重复单位的长短,又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。

其中重复单位仅由2-6bases组成的叫微卫星( microsatellite analysis),又称它为短串联重复序列 short tandem repeat str)。

4. 研究创新点

微卫星技术在枣研究中的应用前景微卫星序列广泛分布于真核生物基因组的编码区和非编码区，通过对枣转录组中微卫星序列特征的分析，对开发大量高效的微卫星分子标记提供了重要的信息资源，另外对于在转录组序列中发掘的微卫星序列，它是具有基因功能的序列，有助于开发出枣的重要基因关联的微卫星标记。

本研究中所得到的枣转录组微卫星对以后该物种的进化、遗传多样性、枣品种的鉴别及分子标记辅助育种等方面的研究奠定基础。