拟南芥花miRNA调控网络构建与分析开题报告

1. 研究目的与意义

【本课题意义】植物作为一个生命有机体，是由多种分子相互作用、协同调控的复杂生命系统。

对某一功能组分而言，单个基因功能的鉴定远不能满足解决生产中实际问题的需要，对基因代谢途径及基因表达调控机制的研究表现出越来越重要的作用。

mirna作为基因表达的调控因子，在其中起到的作用越来越受到人们重视。

2. 研究内容和预期目标

【研究目标】（1）在拟南芥mirna靶基因预测及鉴定的基础上，构建mirna-靶基因调控网络。

（2）对拟南芥mirna调控网络结构及其中关键因子进行分析。

【研究内容】本研究以拟南芥为研究对象，在获取拟南芥现有mirna序列的基础上，利用软件预测其靶基因，并通过生物信息学方法，利用拟南芥降解组序列对靶向关系进行验证，得到高可信度靶基因。

3. 研究的方法与步骤

【研究方法】主要采用生物信息学方法进行研究。

以拟南芥为研究对象，从mirna数据库mirbase中获得拟南芥现有mirna全部测序序列，利用mirna靶基因预测软件psrnatarget初步预测其靶基因。

搜集现有拟南芥降解组测序序列，通过生物信息学方法，编写程序脚本，利用降解组序列验证上述靶基因真实性，获得较高可信度靶基因数据。

4. 参考文献

【特色或创新之处】本研究以拟南芥为研究对象，在获取拟南芥现有全部mirna序列并利用软件预测其靶基因的基础上，进一步通过生物信息学方法，利用拟南芥降解组序列对靶向关系进行验证，确保了靶基因的准确性，使实验结果更为可靠。

在保证数据准确的基础上，尽可能汇总现有全部数据资源，保证了最终mirna调控网络的准确性及完整性。

作图过程中，根据不同降解组注释中组织来源、处理条件情况对相应靶基因鉴定结果分类汇总、分别作图，可展现出不同组织或处理条件下的mirna调控网络，便于进一步对比分析，挖掘更多mirna调控信息。

5. 计划与进度安排

【研究计划及预期阶段进展】2022.09-2022.10 (1) 搜集、整理拟南芥mirna序列；(2) 利用软件初步预测拟南芥mirna靶基因。

2022.10-2022.12(1) 搜集、整理拟南芥cdna库数据、降解组测序数据；(2) 编写脚本程序，利用降解组序列对拟南芥mirna靶基因进行鉴定，汇总结果。

2022.12-2022.01利用绘图软件构建拟南芥mirna调控网络。