1. 研究目的与意义
银杏作为我国特有的孑遗植物，其不仅在分类学上占据着特殊的位置，而且随着人们对其研究进程的不断加深，银杏的经济价值被逐渐开发出来，成为集果用、叶用、材用、防护与观赏于一身的多用途树材。
通过运用不同的snp挖掘软件对银杏5个时期的转录组数据的筛选处理，选取一定数量的snp位点，经数据模拟检验和设计试验验证，以此比较不同挖掘软件的工作效率。
一方面实践在银杏中snp标记的具体希望能够试验操作，同时也为林木工作者在开发snp标记过程软件的选择上提供有效参考，并且为林木snp标记开发提供经验借鉴。
2. 国内外研究现状分析
目前国内对其的开发和利用主要集中在果用，而国外则是侧重于对银杏叶的开发，并应用于医药、兽药、生物制药、食品和化妆品上面。
而对于银杏的研究，从对其实际的经济价值开发，到雌雄株的辨别、种群多样性的分析，再到分子标记的应用，研究程度和技术由浅入深，从形态学到分子水平的研究成果一应俱全。
分子标记根据其技术核心又分为以分子杂交技术为核心、以分子杂交技术和pcr技术为核心、以pcr技术为核心以及以pcr技术与测序技术为核心的一类分子标记。
3. 研究的基本内容与计划
以银杏5个时期的转录组数据为材料，从各个不同的snp挖掘软件和比对软件结果中，随机选择一定数量的疑似snp位点，设计高特异性引物后，用pcr和焦磷酸测序方法验证疑似snp位点的真实性。
以此对生物信息预测进行反馈，以评估各个snp挖掘软件的效率。
2015-12-24-----2016-02-19：确定课题，查阅文献，完成开题报告。
4. 研究创新点
林木作为高度杂合的物种，基因组体积普遍庞大，并且基因组复杂程度也较高，这些对于研究者而言无疑是不小的挑战。
同时由于测序成本等诸多因素，绝大多数林木并没有参考基因组，即使有部分基因组或转录组测序，测序深度也往往较低，因此在参考序列的选择上普遍存在争议。
在软件开发的角度，首次以银杏为试验材料，从snp挖掘效率入手对不同的软件进行对比，通过选取林木无参转录组序列，结合现今较为流行的snp挖掘软件，比较不同软件对于林木转录组数据snp开发的效率和准确性。
