1. 研究目的与意义
马尾松是多年生常绿树种，是我国南方主要的工业原料树种，是绿化造林和荒山废地恢复植被的主要先锋树种，在创造经济价值和发挥生态效应方面占据着举足轻重的地位。为提高马尾松遗传改良工作效率，人们通过利用分子标记技术来推进其改良进程。近几年来，SSR分子标记作为一种共显性标记利用越来越广。然而SSR-PCR反应体系的优劣直接影响PCR扩增结果，进而影响后续的分子试验，故对马尾松SSRPCR反应体系进行优化，建立起马尾松SSR-PCR的最优反应体系具有重要的意义。
2. 国内外研究现状分析
孙伟（2001）对影响SSR-PCR扩增反应的因素及正交设计原理进行了阐述，并以TaqDNA聚合酶、模板DNA、引物、Mg2 离子等4种因素3种水平为例，利用正交表L9(34)对扩增体系的优化进行了探讨。高志红等（2002）以果梅品种小叶猪肝为试材, 研究了果梅 SSR 技术中 PCR 反应体系的主要成分对 SSR 扩增结果的影响, 并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。张崎峰等（2009）利用正交设计对稻瘟菌 SSR -PCR反应体系中的 5个因素 (TaqDNA聚合酶、Mg2 、模板DNA、 dNTP、引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平并进行退火温度梯度试验筛选最佳的退火温度。张文娜等（2009）以甜樱桃品种那翁为试材, 研究了樱桃 SSR技术中 PCR反应体系的主要成分对 SSR扩增结果的影响, 并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。冯富娟等（2010）为了建立红松SSR- PCR 最佳反应体系，以 CTAB法提取的红松针叶DNA为模板, 应用单因子试验及L16( 45) 正交试验系统分析了DNA 模板浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度、 引物浓度、Taq酶浓度等对SSR-PCR扩增结果的影响：并对延伸时间、热循环参数进行了探讨，建立了稳定的、可重复的红松SSR-PCR 最佳反应体系及 PCR 扩增参数。Panaud O（1995）、Ostrander EA（1992）、Collevatti RG（1999）等学者研究发现：SSR标记具有易检测、共显性遗传、重复性好、多态性高以及遍布整个基因组等优点，是构建遗传连锁图谱、研究群体遗传结构、开展交配系统分析、谱系分析以及分子标记辅助育种的理想工具。
3. 研究的基本内容与计划
本实验通过正交设计对马尾松进行ssr-pcr体系优化。
2012.3.1-2012.3.7完成论文基础资料收集及开题报告。
2012.3.7-2012.5.20进行马尾松ssr-pcr体系优化，完成实验，并整理资料完成论文初稿。
4. 研究创新点
马尾松SSR-PCR扩增结果稳定是进行马尾松遗传图谱构建，遗传多样性分析等分子试验的基础步骤，也是决定试验成败的关键。本课题通过正交设计试验进行马尾松SSR-PCR体系优化，进而获得马尾松SSR-PCR最优反应体系。与单因素设计试验相比，正交设计试验解决了在SSR-PCR 反应体系中不能考察各组分交互作用的问题，并且对于单因素设计试验，正交设计试验减少了许多处理组合，从而节省了许多人力和物力。
