水稻PAP基因家族的生物信息学分析任务书

1. 毕业设计（论文）的内容和要求

1.掌握植物基因家族成员的鉴定、系统发育和表达分析方法。

2.鉴定出水稻基因组中的紫色酸性磷酸酶基因，明确其进化历史与机制，及在不同组织器官中的表达情况。

2. 实验内容和要求

1. 水稻PAP基因的系统鉴定。通过关键词搜索、BLAST比对等手段鉴定出水稻PAP家族所有成员；

2. 基因复制事件和系统发育分析。通过分析OsPAP家族的基因复制事件和系统发育关系，明确该家族的进化历史与机制；

3. 基因表达模式分析。通过EST数据分析，明确OsPAP基因在不同组织器官中的表达模式。

3. 参考文献

[1] Li DP, Zhu HF, Liu P, et al. Purple acid phosphatases of Arabidopsis thaliana. Comparative analysis and differential regulation by phosphate deprivation [J]. J Biol Chem. 2002, 277(31): 72-81.

[2] 彭艺, 曾宗浩. 拟南芥中PAP特异磷酸酶(AtAHL)的折叠识别与结构预测[J]. 生物化学与生物物理进展. 2003, 30(4): 588-596.

4. 毕业设计（论文）计划

2013年11月-2013年12月，查阅相关文献，熟悉各种生物信息学数据库和软件；

2022年1月-2022年3月，完善技术路线，开展各种分析；

2022年4月-2022年5月，分析和整理实验结果，撰写论文。