生物信息学分析K562/G01 和K562/A02的分泌蛋白组
一、选题依据
目前联合化疗是白血病治疗的重要措施，对白血病的化疗采取了包括联合用药、早期、足量、分阶段治疗、加强支持治疗等综合治疗策略。大黄素是中药大黄的有效成分，具有抗炎、抗菌、免疫抑制作用，研究表明大黄素还是蛋白激酶抑制剂，能够抑制多种肿瘤细胞的增殖。如今蛋白质组学的研究已成为生命科学研究的重点，是寻找疾病标志物的重要源泉。而生物信息学和网络药理学的方法也在蓬勃发展，变得不可或缺。网络药理学是随着基因组学和蛋白质组学系统生物学发展应运而生，它是在理解疾病表型-基因-靶点-药物相互作用的网络的基础上，通过网络分析，来观察药物对病理网络的干预与影响，使研发的新药更接近于疾病的实际情况，从而提高研发的成功率。生物信息学与其有些类似，侧重点更多更广泛。生物信息学（英语：bioinformatics）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是互联网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测，以及建立进化模型。在本实验中，我们利用生物信息学和网络药理学的原理和技术，分析具有相同遗传背景，不同转移潜能的白血病细胞株K562/G01 和K562/A02和耐药细胞株的分泌蛋白组。
二、实验目的
研究大黄中几种蒽醌类成分，大黄素甲醚、芦荟大黄素、大黄酚、大黄酸对人慢性粒细胞白血病耐阿霉素细胞株K562/A02以及耐伊马替尼细胞株K562/g01肿瘤多药耐药的抑制作用。建立起蛋白点的药理学背景网络图。并对筛选出的差异分泌蛋白进行全面的验证，采用多个生物信息学工具对差异分泌蛋白的细胞定位,生物学功能,信号通路,组织表达,染色体分布等进行在线分析，以期从信息学层面上发现对大黄素对白血病有抑制价值的蛋白点。
三、实验方法
1、质朴鉴定技术后期分析
质朴鉴定分析的结果是K562/A02和K562/G01细胞以及敏感株细胞三组细胞的胞外分泌蛋白共有348个，运用decyder5.0版本软件对此进行分析，筛选出差异波动倍数较大的蛋白点，所有数据均代表重复试验的结果，以均值表示，方差齐时，两组间均数比较采用t检验，两组间数据统计资料显示采用F检验，所有统计分析均由软件excel2013完成。Plt;gt;代表有统计学差异。同时筛选出感兴趣的明显有差异的蛋白进行下一步生物信息学分析。目前基于鸟枪法蛋白质组学的定量技术主要包括标记定量技术和非标记定量技术。decyder5.0版本软件是一个由GE公司开发的非标记定量分析软件，可实现对肽段所对应的蛋白质的相对定量。该软件整合了显示、检测、比较和统计分析工具，包括以下这些选择它的理由：1.在全自动的模式上检测比较并鉴定不同样品间具有显著差异的肽。2、可以在单个峰水平水平实现对肽段的检测和比较，进项确证和调整。3、可以对质谱数据在二维和三维水平实现高级可视化。4、能够快速处理大量数据。5.内标的使用提高了定量的效果。这就是前期数据分析依据。
