姜黄素抗肿瘤靶点的初步探索开题报告

 2022-02-28 20:51:51

1. 研究目的与意义

研究的背景:

姜黄素是从姜黄属中药姜黄,郁金等茎块中提取出来的一种天然产物,为二酮类化合物。姜黄具有破血行气,通经止痛等功效,一直作为药食两用的药材;此外,还有用于治疗胸肋刺痛,闭经风湿肩疼痛及咽喉肿痛等。

多年研究表明,姜黄素具有广泛的药理作用,如抗氧化,抗凝,抗人类免疫缺陷病毒,抗菌,抗肿瘤,抗基因突变等。近期研究显示,姜黄素的抑制肿瘤作用机制主要与诱导肿瘤细胞凋亡有关,它是通过调控抑制癌基因,癌基因及其蛋白质的表达,诱导细胞周期停滞及调控细胞凋亡信号等途径实现,除此之外,姜黄素还可能通过抗氧化,免疫调节,影响激素水平等机制达到抗肿瘤的目的。曾被认为是理想的抗癌化学治疗药物之一,然而姜黄素在体内溶解减小,体内吸收减少,代谢过快,生物利用度地,极大限制了应用。

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2. 研究内容和预期目标

姜黄素是(cumin)从姜黄属中药姜黄、郁金等块茎中提取出来的一种天然产物,为二酮类化合物。姜黄素具有抗氧化、抗凝、抗人类免疫缺陷病毒、抗菌、抗肿瘤等药理作用。姜黄素的抑瘤作用机制主要与诱导肿瘤细胞凋亡有关,通过调控抑癌基因、癌基因及其蛋白的表达、诱导细胞周期停滞及调控细胞凋亡信号等途径实现。我的研究课题内容是在查阅姜黄素相关文献基础上,通过基于受体三维结构的分子对接技术(molecular docking),探索姜黄素与肿瘤细胞凋亡相关的蛋白的结合情况。通过查文献做受体三维结构分子图,预期得到下面三个目标

(1)查阅并综述姜黄素研究进展的相关文献报道以及分子对接技术在天然产物领域的应用情况,设计出与姜黄素作用机理相关的受体-配体结合研究方案;

(2)通过autodock、pymol等软件计算姜黄素三维结构与特定蛋白受体之间的对接情况及结合能,确定姜黄素的作用靶点及氨基酸残基;

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3. 研究的方法与步骤

autodock图像法

1.获取receptor(受体)及ligand(配体)结构文件,

我们可以从www.pdb.org网站上下载“1hsg.pdb”文件,运用adt、vmd以及pymol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来,保存成两个单另的文件以备后面使用。同时还可以在autodock网站下载“tutorial4.tar.gz

2.设置工作目录及工作环境

新建工作文件夹“1hsg”,将编译好的“autogrid4autodock4”程序以及“hsg1.pdbind.pdb“两个pdb文件拷贝到此文件夹下。打开控制台,切换目录到该文件夹下,运行adt,这样adt的默认路径就是”1hsg文件夹,此后所有输入/输出文件的默认路径都是1hsg,方便后面操作

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4. 参考文献

[1] 魏冬, 姜波, 薛璇等. 姜黄素衍生物的合成及其抗肿瘤活性[J]. 合肥师范学院学报, 2012, 30(6): 77-80.

[2] 杜志云, 汤志恺, 卢宇靖. 姜黄素类似物与酪氨酸酶相互作用的分子对接研究及应用[J].计算机与应用化学, 2011, 28(5): 531-534.

[3] 胡翠英, 郭伟强, 藏帅, 顾华杰, 蒋伟娜, 王桃云. 利用Autodock预测苍术酮的潜在抗肿瘤靶点[J]. 生物技术, 2014, 24(6): 60-63.

[4] 黄勇, 陈晨, 张志毅, 童贻刚, 赵勇. Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较[J]. 生物信息学, 2012, 10(4): 248-253.

[5] 任洁, 魏静. 分子对接技术在中药研究中的应用[J]. 中国中医药信息杂志, 2014, 21(1): 123-125.

[6] Yao-Rong Zheng, Kogularamanan Suntharalingam, Timothy C. Johnstone,et al. Pt(IV) Prodrugs Designed to Bind Non-Covalently to Human SerumAlbumin for Drug Delivery[J]. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136:87908798.

5. 计划与进度安排

(1)2022-2-27~2022-3-12(第2、3周):查阅文献、设计方案、完成开题报告。

(2)2022-3-13~2022-6-4(第4周到第15周):完成分子对接工作,总结研究结果。

(3)2022-6-5~2022-6-18(第16到17周):撰写毕业论文并答辩。

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