基于Java的SNP数据显示程序设计与实现开题报告

1. 研究目的与意义（文献综述）

近年来，癌症的发病率不断增加，癌症的死亡比例占据世界上所有由疾病引发的死亡总数的八分之一，癌症因此成为对人类生命威胁最大的疾病之一。基因转录组学、蛋白质组学的实验技术和数据的涌现，为癌症研究提供了大量的实验数据，同时为癌症诊断标志物的研究打开了新的视角。

随着人类基因组计划的完成，生命科学进入到了后基因组时代。科学家开始探究疾病与基因关系，并把目光投向基因组上特殊的遗传标记位点—snp。snp多态性位点的差异有可能造成人们罹患疾病的不同风险和对药物的不同反应。发现这些与疾病相关的dna序列上的多态位点，是了解引起人类疾病的复杂原因和人类种族迁徙的最重要途径之一。

单核苷酸多态性作为人类基因组数据中最常见的一种变异，成为新一代的遗传标记，它在致病基因定位，易感基因的检出，药物基因组学中发挥了越来越重要的作用，因此snp已经成为计算机学者和生物学者寻找疾病基因，进行疾病诊断和药物选择的重要研究对象。目前越来越多的疾病都是复杂性疾病，它们的发生不是单个基因作用引起的，而是由多个基因引起的，即snp之间存在着交互作用，而且现代随着高通量基因分型技术的诞生和快速发展，snp数据的规模也越来越大，进而到中级数据呈现出“高维度，小样本”的特征，数据挖掘成为研究snp数据的与复杂性的重要性技术手段。

目前 snp 的检测方法大致可以分为两大类：一大类是以单链构象多态性

2. 研究的基本内容与方案

一、基本内容

1.简述生物基因数据分析的常见方法；

2.研究序列数据的可视化技术；

3.进行简单的数据文件读取、预处理与显示技术；

3. 研究计划与安排

第1周 查阅相关文献，明确论文研究内容；

第2周 搜集资料和辅导书籍，并完成开题报告；

第3周 熟悉java开发环境，学习生物信息学相关基础理论；

第4周 学习java基本程序设计，基本结构语句（包括选择、循环和方法）；

4. 参考文献（12篇以上）

[1] 李刚，疯狂java讲义(第三版)，电子工业出版社，2014

[2] daniel liang，java语言程序设计(基础篇)，机械工业出版社，2015

[3] 徐明远，郑越，俞朝辉，java常用算法手册，中国铁道出版社，2014

[4] 高荣芳，如何处理java程序中的错误，《陕西广播电视大学学报》，2010