1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
猪链球菌（streptococcus suis，ss）是一种革兰氏阳性菌，它不仅是猪的重要致病菌，同时也是一种重要的人畜共患病原菌。根据其荚膜抗原的差异，一般分为33个血清型和较多未定型菌株，其中2型（ss2）的分离率最高，致病力最强，1998年江苏海安及2005年四川资阳等地曾暴发ss2感染猪和人的报道[1] [2] [3]。ss感染可引发猪脑膜炎、败血症、关节炎、肺炎、心内膜炎、多发性浆膜炎等[4]，在易感群可暴发败血症而突然死亡，对养猪业造成巨大经济损失。目前对ss的致病机理的了解还很有限，全面、准确解析ss基因组信息有助于阐明猪链球菌的致病机制。
研究表明，细菌编码的小肽具有很多重要的生物学功能，参与调控细菌毒力、细胞分裂、运输过程、信号转导和应激反应等[7-9]。但由于小肽通常小于50个氨基酸，基因组注释软件难以准确预测，且检测手段也有限，因此相关研究较少[5]。编码小肽的基因不仅可存在于基因间隔区、小rna和反义rna上[6]，甚至有文献表明有些基因编码框内部可编码小肽（也称为替代小肽）[10]。目前ncbi上已公布26株猪链球菌全基因组，但这些基因组信息的注释是通过软件完成，难以预测编码小肽阅读框。指导教师前期工作发现猪链球菌参考株p1/7存在4个编码框（ssu0945、ssu1500、ssu0757、ssu0816）可能编码5个替代小肽。在已有研究成果的基础上，本研究将通过原核表达载体的构建与western blot等方法验证这些基因能否编码替代小肽，为正确阐释猪链球菌基因组，进一步了解猪链球菌致病机理提供参考。
参考文献：
2. 研究的基本内容和问题
1 研究目标
1.1通过分步酶切构建pset2-spa-ssu0945/1500-1/1500-2/0757/0816重组质粒。
1.2将质粒电转化猪链球菌p1/7，通过western blot检测ssu0945等4个编码框能否编码替代小肽。
3. 研究的方法与方案
1 研究方法
1.1 分步酶切法构建pset2-spa-ssu0945等5个重组质粒
1.1.1 引物设计用ssu0945等4个编码框的特异性引物扩增目的片段，用spa-f/r扩增spa片段。在ssu0945、ssu1500-1、ssu1500-2和ssu0757，上下游引物别添加酶切位点ecor i与bamhi；在0816，引物分别添加酶切位点bmet110 i与bamhi；在spa，spa-f/r分别添加bamhi与pst i酶切位点。
4. 研究创新点
对于已公布的26株猪链球菌全基因组，这些基因组信息的注释是通过软件完成，难以预测编码小肽阅读框。本课题根据指导教师前期研究成果，通过原核表达载体的构建与Western blot验证SSU0945等4个编码框能否编码替代小肽，为正确阐释猪链球菌基因组，进一步了解猪链球菌致病机理提供依据。对替代小肽的探索，可以为进一步了解小肽的生物学功能提供参考。
5. 研究计划与进展
1 研究计划
2016年9月-2016年11月：构建pset2-spa-ssu0945等5个重组质粒。
2016年11月-2017年1月：通过western blot验证ssu0945等4个编码框是否能编码小肽。
