1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
1.研究意义
microrna(mirna)是一种非编码rna,可以通过与靶基因mrna结合来降低靶基因的表达水平[1]。microrna-122(mir-122)是一种保守的肝特异性微小rna[2],对肝细胞癌(hcc)有抑制作用[3]。mir-122有众多的靶基因,这些靶基因在肝脏中发挥着重要的作用[1]。因此,研究mir-122及其对靶基因的作用和其靶基因的通路和作用机理对癌症的诊断、预后、治疗有重要的意义。
2.国内外研究概况
2. 研究的基本内容和问题
研究目标:通过生物信息学分析和实验手段筛选出一批可信度较高的miR-122的靶基因,并分析miR-122对不同靶基因的抑制程度。
研究内容:使用生物信息学软件如TargetScan对miR-122的靶基因进行预测;利用预测结果与GEO数据库中的数据进行比对;利用实验方法如RT-qPCR、western blotting来测定miR-122对靶基因的抑制程度。
拟解决的关键问题:通过对miR-122靶基因的预测及鉴定,确定出一批可信度高的miR-122的靶基因;通过对这些靶基因功能的分析进而得到miR-122在肝脏细胞中的功能。3. 研究的方法与方案
1.研究方法
1.1软件预测mir-122的靶基因
使用targetscan(http://www.targetscan.org/vert_72/)、pictar(https://pictar.mdc-berlin.de)、miranda(http://www.microrna.org/microrna/home.do)来预测mir-122的靶基因。
4. 研究创新点
本实验的创新之处为通过处理大量的数据,包括在网站下载收集miR-122水平变化后细胞转录组的大量数据,并结合实验手段,最终筛选出可信度高的miR-122的靶基因。
这是首次通过生物信息学软件预测、转录组学数据分析、实验相结合,共同得出miR-122的靶基因及其对靶基因的抑制程度,可能为肿瘤等疾病的治疗提供新线索。
5. 研究计划与进展
2019.10~2019.11阅读有关文献,完成文献综述,为实验的开展进行知识储备;
2019.12~2020.01使用软件对mir-122的靶基因进行初步的预测;
2020.02通过对geo数据库中转录组学数据进行分析,筛选出mir-122的靶基因;
