水稻镉响应基因的生物信息学分析开题报告

 2022-02-07 17:23:21

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

研究意义:在网站得到在不同浓度镉处理后根和茎中都上调或下调的水稻基因。为水稻重金属胁迫改良提供参考。

研究背景:大范围的镉污染会对作物的生长和人类的健康造成很大的影响,会使作物减产也会使人类患上肺癌和前列腺癌这样的疾病,所以对水稻基因的研究有很重要的现实意义。

国内外研究情况:在植物中独立的对转录物srna和mrna在镉胁迫下的变化已经被广泛的报道。但对于水稻这样的一种作物对镉胁迫响应基因的整理却并不多,所以这个研究有一定的价值。

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:得到在不同浓度镉处理后水稻根和茎中都上调或下调的水稻基因。分析水稻镉响应基因的表达特性(镉敏感性即高低浓度差异、组织特异性、时间点即响应快慢)

研究内容:讲水稻在不同镉浓度、不同时间点的基因数据通过excel和venn图对其进行整理分辨出它的早期响应基因(一小时左右响应),晚期响应基因(几天天及以后),长效基因(多个时间点一直响应)

拟解决的问题关键问题:1.大量数据的获取需要长时间的通过从tenor网站上进行人工的复制粘贴。 2.使用excel对大量数据进行分类整理需要一定的使用技能水平 3.大数据量的venn图制作

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3. 研究的方法与方案

研究方法:通过在tenor网站下载在不同镉浓度的数据(fc)>= 1.5 ,fdr

技术路线:从tenor网站上复制所需数据将数据粘贴在notepad 软件中再将数据导入到excel表格中将excle数据转为txt格式使用此数据制作venn图使用excel中数据制作分析表查阅其他文献中镉响应基因的数据分析整合两份数据,验证自身结论

实验方案:1找到并筛选出在不同组织(根、茎)不同时间点(1h、12h等)的水稻镉响应基因(上或下调)的数据 2通过查找文献挖掘其他植物(如拟南芥、重金属超积累植物)的镉响应基因的数据 3整合数据,以其他植物的镉响应基因佐证水稻的基因

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4. 研究创新点

特色或创新之处:国内外对水稻基因在多种胁迫下的响应基因变化的文献很多,但对水稻的镉响应基因在不同的镉浓度、不同的时间点的探索很少。

本实验通过对不同浓度、不同时间点的数据进行分类比较,制成图表和维恩图,有效专一的分析了水稻的镉响应基因,可以说是一点小小的突破和创新之处。

5. 研究计划与进展

研究计划:

2月23日至3月3日,将root在不同浓度、不同时间点的数据复制到excel中

3月4日至3月12日,将shoot在不同浓度、不同时间点的数据复制到excel中

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