Cytb和ITS序列联合探究鲀科系统发育开题报告

 2022-03-13 22:11:36

1. 研究目的与意义

鲀科鱼类身体呈球型或箱型,表皮粗糙,鳞片特化成骨质盾板的坚硬外壳,只有口部、肛门、尾柄及鳍条具沟洞而能活动,口小唇厚,具一列牙齿,为圆锥状或圆头的门状齿,皆为黄褐色。背鳍单枚,通常位身体的後半部,与臀鳍相对或稍微前方,鳍条均无硬棘,无腹鳍,尾鳍为圆形。本科鱼种广泛分布于印度 洋至太平洋珊瑚礁海域,游泳能力弱,以底栖动物如海鞘、海绵和软珊 瑚等为食,也有鱼种以藻类为主食。全世界计2亚科14属约33种,台湾纪录2亚科4属10种。

上海水产大学生命学院海萨,李家乐,冯建彬等人通过cytb序列的遗传差异以及系统发育树,得知黄金鲈与河鲈非同一种,将鲈属分类,确定鲈属所包含黄金鲈,伊犁鲈,河鲈三种。

朱树人,孟庆磊等人,通过its片段,采用nj和ml方法建立进化树,表明乌鳢和斑鳢遗传距离最近,乌鳢和月鳢遗传距离最远。

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2. 研究内容和预期目标

通过提取鲀科鱼类线粒体DNA模板,设计PCR引物,通过PCR得到目的片段Cytb序列,再结合ITS基因序列,构建进化树,分析鲀科各属间的遗传差异,得出鲀科鱼类的进化规律。

3. 研究的方法与步骤

()鲀科鱼类mtdna的分离方法优化;

1.1 实验材料和试剂:

选取鲀科鱼类,活体解剖取肝脏或肌肉,用ste缓冲液漂洗后,-70℃保存备用。

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4. 参考文献

[1] 刘丽, 刘楚吾, 张明辉, 等. 不同保存条件下鱼类组织基因组 dna的提取效果分析[j]. 广东海洋大学学报, 2007,27(6):19-22.

[2] 肖武汉, 张亚平. 鱼类线粒体dna 的遗传与进化[j]. 水生生物学报, 2000, 24(4): 228-236.

[3] 郭新红, 刘少军, 刘 巧, 等. 鱼类线粒体dna 研究新进展[j]. 遗传学报, 2004 , 31(9) : 983- 1000.

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5. 计划与进度安排

1、2022年11月18日~2022年4月1日,接受任务、查阅和翻译文献、撰写及完成开题报告;

2、2022年4月2日~2022年4月25日,原材料制备,完成实验前准备工作,配制各实验所需药品;学习提取鱼的基因组dna,its1基因,学会使用pcr仪,对pcr反应体系,循环参数进行摸索和调整等措施,学会制胶,学习制备感受态细胞,pcr目的基因。

3、2022年4月26日~2022年5月10日,完成pcr扩增产物的鉴定与割胶回收,回收纯化产物与载体连接,转化到大肠杆菌dh5α感受态细胞中,利用白斑筛选阳性克隆,用质粒dna小量试剂盒提取质粒,用双酶切鉴定阳性菌落,阳性菌落质粒dna送到生物公司进行测序。

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