1. 研究目的与意义
目前人类基因组的研究已进入关键时期，2000年已获得人类基因组的全部序列，截止到2005年，人类基因组计划的测序工作已经全部完成，这标志着人类基因组的研究已进入了信息提取和数据分析的关键阶段。到1999年12月15日为止，genbank数据库中dna碱基数达46亿5千万，dna序列数535万；25个模式生物的完整基因组测序完成；近年来，蛋白质组以及功能基因组的研究数据也不断上升。
以上事实表明，如何解析这些信息数据，从而获得生物分子结构、功能的相关信息成为生物信息学研究的重要方向。
本文研究的目的在于运用同源建模的方法最终模拟出较为合理的转氨酶三维结构，并对优化模型做分子对接研究其催化机理，探讨转氨酶与底物结合中起重要作用的氨基酸位点。
2. 研究内容和预期目标
本文主要使用SWISS- MODEL 在线服务器[12]进行蛋白质三维结构建模，得到建模模型后通过分子对接研究转氨酶与底物作用的催化机理。主要内容包括：在PDB数据库中确定目标蛋白，运用NCBI的BLAST搜索工具搜索与目标蛋白相似的序列，在线服务器SWISS-MODEL同源建模，对这个模型进行优化从而产生预测的结构模型，对模型进行评估，分子对接研究，运用图形化软件VMD，Chimera 1.9展示模型蛋白质的空间结构及分子对接模式图。
运用同源建模的方法最终模拟出较为合理的转氨酶三维结构，并对优化模型做分子对接研究其催化机理，探讨转氨酶与底物结合中起重要作用的氨基酸位点。
3. 研究的方法与步骤
第一步：目标蛋白搜索
搜索目标蛋白是同源建模的第一步，搜索范围为pdb数据库。下载转氨酶同源蛋白一级结构序列 (3ppl,4ce5)。
第二步：相似模板的确定
4. 参考文献
[1] eisenbenberg david, marcotteedward m, et al .protein funetion in the post-genomic era[j].nature,2000,405(6788):823- 826.
[2] barker wc, garavelli js, huang h, et al. theprotein information resource (pir). nucleic acids research,2000,28(1):41-44.
[3] 程凌鹏,张景强.伊蚊c6/36细胞浓核病毒蛋白衣壳三维结构的测定.中国科学,c辑,2004, 34(1):75-79.
5. 计划与进度安排
1.202212-1～2022-3-20接受任务、查阅和翻译文献、撰写及完成开题报告
2.2022-3-21～2022-4-10 模板蛋白搜索，blast选择目标蛋白
3.2022-4-11～2022-4-20 蛋白质同源建模
