基于基因表达芯片的膀胱癌相关信号通路分析开题报告

1. 研究目的与意义

膀胱癌是指发生在膀胱黏膜上的恶性肿瘤，是泌尿系统最常见的恶性肿瘤，也是全身十大常见肿瘤之一，占我国泌尿生殖系肿瘤发病率的第一位，而在西方其发病率仅次于前列腺癌，居第2位。膀胱癌可发生于任何年龄，甚至于儿童。其发病率随年龄增长而增加，高发年龄50～70岁。男性膀胱癌发病率为女性的3～4倍。目前，人们对于膀胱癌的发生机制还没有完全认识。

膀胱癌的病因复杂，既有内在的遗传因素，又有外在的环境因素。较为明确的两大致病危险因素是吸烟和职业接触芳香胺类化学物质。吸烟是目前最为肯定的膀胱癌致病危险因素，30%～50%的膀胱癌由吸烟引起，吸烟可使膀胱癌危险率增加2～6倍，随着吸烟时间的延长，膀胱癌的发病率也明显增高。另一重要的致病危险因素是与一系列职业或职业接触有关。现已证实苯胺、二氨基联苯、2-萘胺、1-萘胺都是膀胱癌的致癌物，长期接触这类化学物质者患膀胱癌的概率增加。

膀胱癌患者最初的临床表现是血尿，临床检查方法包括尿常规检查、尿脱落细胞学、尿肿瘤标记物、腹部和盆腔b超等检查。根据上述检查结果决定是否行膀胱镜、静脉尿路造影、盆腔ct或/和盆腔mri等检查明确诊断。其中，膀胱镜检查是诊断膀胱癌的最主要方法。

2. 研究内容和预期目标

研究内容包括以下三大部分：

(1)基因表达芯片数据的收集以及预处理；

(2)不同统计方法寻找差异基因的效果比较；

3. 研究的方法与步骤

步骤1.检索各大基因表达谱数据库如arrayexpress（http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/）和geneexpressionomnibus(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)，收集膀胱癌基因表达芯片的数据。

2.整理芯片信息，选取膀胱癌症不同的样本进行对照的芯片信息，进行下一步分析。

3.采用多种差异基因表达分析软件，包括most，ort，copa，os等，分别针对每一组芯片数据寻找出在不同期癌症样本中差异表达的基因。

4. 参考文献

[1]xu,l.,d.geman,andr.l.winslow,large-scaleintegrationofcancermicroarraydataidentifiesarobustcommoncancersignature.bmcbioinformatics,2007.8:p.275.

[2]cahan,p.,etal.,meta-analysisofmicroarrayresults:challenges,opportunities,andrecommendationsforstandardization.gene,2007.401(1-2):p.12-8.

[3]rhodes,d.r.,etal.,large-scalemeta-analysisofcancermicroarraydataidentifiescommontranscriptionalprofilesofneoplastictransformationandprogression.procnatlacadsciusa,2004.101(25):p.9309-14.

5. 计划与进度安排

本论文的各阶段安排为：

1、2022-03-1～2022-03-09接受任务，按照指导教师要求查阅资料，撰写开题报告

2、2022-03-10～2022-03-23进行数据收集，熟悉相关程序软件，数据的的预处理等。