链霉菌CB2009菌株的基因组挖掘开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

课题意义：链霉菌对人类的生活和生命活动起着十分重要的作用。

在目前使用的抗生素中，60p%的人用抗生素来源于链霉菌（如链霉素、四环素、红霉素、氯霉素、新霉素等等）。

这些次级代谢产物的结构各异，因此赋予了它们不同的特性，包括抗细菌性，抗真菌性，抗病毒性和抗肿瘤性等，所以挖掘链霉菌的基因潜能是非常有必要，通过生物信息分析，从链霉菌cb2009基因组中获得起生物合成的可视化信息，为探索新的抗生素及新药开发提供了新思路。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容和拟解决的关键问题研究目的和内容：通过对链霉菌cb2009的全基因组测序，由生物合成基因簇分析找出其生物合成潜能。

同时对该菌株建立合适的大片段bac文库，用于后续应用。

拟解决的问题：本实验首先应用平台软件分析该菌株的生物合成基因簇，分析确定其可应用性潜能基因簇。

3. 研究的方法与方案

研究方法、技术路线、实验方案及可行性分析1. 链霉菌cb2009的基因组序列分析1.1链霉菌cb2009的基因组dna测序使用二代测序技术，获得链霉菌cb2009的基因组序列1.2antismash 的安装与运行使用antismash对链霉菌cb2009进行生物合成基因簇的分析，运行软件，导入链霉菌cb2009基因组序列的fasta文件，根据导出结果分析各个生物合成基因簇，选择标记。

2.bac建库2.1 链霉菌孢子悬液制备在斜面上导入无菌水，轻轻刮取孢子，悬浮，过滤离心（3000r/min离心5-10min），最后分散，加入甘油保存。

2.2菌丝体制备在培养基上加入孢子悬浮液，在适宜条件下培养（在28℃、200r/min培养，终浓度3*10^8 cells/ml）。

4. 研究创新点

特色或创新之处1.实验采用了antismash 这一软件来分析链霉菌的生物合成基因簇，十分方便快捷，在短期内完成了对链霉菌cb2009全基因组的解读，有利于后续实验的进行。

2.本实验采用bac建库，预期获得100kb左右的大片段克隆，更有利于对生物合成基因簇的研究。

3.本实验采用两次脉冲场凝胶电泳，更有效地回收大片段dna。

5. 研究计划与进展

研究计划及预期进展2014.12-2015.3完成链霉菌CB2009的生物合成基因簇的分析及实验设计2015.4-2015.5完成建立BAC文库的前期条件摸索2015.5完成链霉菌CB2009的BAC文库建立及质量检测、保存及论文撰写