乳酸菌胞外多糖基因簇的生物信息学分析开题报告

 2022-02-02 21:37:20

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

1 课题研究意义

乳酸菌胞外多糖(exopolysacides, eps)是乳酸菌在生长代谢过程中分泌到细胞壁外的粘液或夹膜多糖,其作为天然的益生菌多糖已经引起许多学者的兴趣。近年来,越来越多的学者展开了对乳酸菌胞外多糖的研究。研究表明,乳酸菌胞外多糖具有抗氧化活性,不仅如此,乳酸菌胞外多糖与人体健康关系密切,具有调节肠道菌群平衡、免疫调节、抗肿瘤等多种生理活性[1]

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2. 研究的基本内容和问题

1 研究目标

研究目标有二:一是利用ncbi等数据网eps簇注释定位,并对其进行比较分析,从而了解基因的同源性,并根据基因功能及基因家族完成基因到胞外多糖生物合成途径的对应;另一个是确定保守碱基序列,在此基础上进行核苷酸多序列比对,从而了解序列的保守性并设计通用的eps簇定位引物。

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3. 研究的方法与方案

1 研究方法

选取多株植物乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌,用ncbi、blast、jalview、jalview和tbtools等分析软件对其eps簇进行生物信息分析,从而了解不同种的乳酸菌eps簇对胞外多糖生物合成途径的调控作用以及乳杆菌属共有的保守序列。

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4. 研究创新点

本课题设计最大的特色在于对不同种的乳酸菌eps簇进行研究分析,通过比较不同菌株的eps簇,将eps簇中的多糖基因与胞外多糖生物合成途径相对应。

而后确定eps簇的保守碱基序列,再根据已知的基因序列设计通用的eps簇的定位引物。

5. 研究计划与进展

2020.04.01-2020.04.10:结合相关的文献资料与简单的基础实验,了解基础的乳酸菌eps簇的理论知识。

2020.04.11-2020.04.25:结合相关文献资料,学习分析软件的使用。

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