1. 研究目的与意义
除d-葡萄糖等少数单糖外，多数自然界中存量稀少的单糖及衍生物被称“稀有糖/稀少糖”（rare sugars）。
我国糖尿病患者超过一亿，肥胖人口数量也位居世界第一，稀有糖具有高甜度、低热量等特性，是良好的代糖，也可用于制备活性药物成分。
现阶段，稀有糖主要由酶催化等生物技术方法制备。
剩余内容已隐藏，您需要先支付后才能查看该篇文章全部内容！
2. 研究内容和预期目标
本实验拟对来自苍白杆菌（ochrobactrum sp.）csl1的核糖-5-磷酸异构酶osrpib对l-核糖的反应机理进行研究。
首先根据其三维结构信息设计突变位点，随后使用swiss- model 在线服务器进行osrpib突变体蛋白质三维结构建模，对获得的结构进行评估和优化，得到较为准确的蛋白结构。
利用较为准确的蛋白结构与l-核糖进行分子对接，对得到的结果进行分析，并以最优突变体作为出发点进行下一轮突变和对接。
剩余内容已隐藏，您需要先支付后才能查看该篇文章全部内容！
3. 研究的方法与步骤
一、分子建模采用swiss- model服务器（http://swissmodel.expasy.org/），通过序列搜索获得覆盖率和相似度较高的模板，以该模板产生三维结构，对所产生结构的评价采用拉氏图进行，对所产生结构的优化采用moe软件中的amber ff10力场进行。
二、蛋白结构与底物的对接前准备、对接过程及对接结果采用ucsf chimera软件进行（具体对接程序为autodock vina）。
三、对接结果的分析采用pymol软件进行。
剩余内容已隐藏，您需要先支付后才能查看该篇文章全部内容！
4. 参考文献
[1] Eisenbenberg David, Marcotte, Edward M, et al .Protein function in the post-genomic era[J].Nature, 2000,405(6788):823-826.
[2] Barker WC, Garavelli JS, Huang H, et al. The Protein Information Resource (PIR) [J]. Nucleic Acids Research,2000,28(1):41-44.
[3] Harger C, Chen G, Farmer A, Huang,W. The Genome Sequence DataBase[J]. Nucleic Acids Research, 2000,28(1):31- 32.
[4] 王英超,党源,李晓艳,王兴龙.蛋白质组学及其技术发展[J].生物技术通讯, 2010,01:139-144.
[5] 王哲,生物信息学概论[M],第四军医大学出版社,2002.
[6] 李衍达，生物信息学基因和蛋白质分析的使用指南[M]，北京：清华大学出版社，2000：246-247.
[7] Zhang, W., Zhang, T., Jiang, B. Mu, W. Enzymatic approaches to rare sugar production[J]. Biotechnol. Adv. 2017, 35, 267–274.
[8] Sherif, E., Khaled, S., Madan, K. Jon, T. A comprehensive review of glycosylated bacterial natural products[J]. Chem Soc Rev 2015, 44, 7591–7697.
[9] Zhang, X. et al. Exploring multifunctional residues of ribose-5-phosphate isomerase B from Ochrobactrum sp. CSL1 enhancing isomerization of D-allose[J]. J. Agric. Food Chem. 2020, 68, 3539–3547.
5. 计划与进度安排
1 2022 11-2022 12 查阅文献，撰写开题报告和前言
2 2022 01-2022 02 完成虚拟突变和对接筛选
3 2022 03-2022 04 根据筛选情况完成第二轮和第三轮突变和筛选工作
4 2022 05-2022 06 撰写毕业论文，准备答辩ppt
剩余内容已隐藏，您需要先支付 10元 才能查看该篇文章全部内容！立即支付
