1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
作为最重要的分子生物学分析方法之一,dna测序不仅为遗传信息的揭示和基因表达调控等基础生物学研究提供重要数据,而且在基因诊断和基因治疗等应用研究中也发挥着重要的作用。高通量测序技术已经将人们带到了真正的基因组时代,这些技术已经在生命科学领域得到广泛的应用,并会对个性化医疗产生极大的推动作用。而mate-paired文库是一种区别于普通短片段高能量测序文库的长片段插入文库,主要用于未知基因组的测序工作。
高通量测序技术的迅猛发展,将基因组学水平的研究带入了一个新的时期,也使经典分子生物科学家对基因组学的认识和思考上升到一个新的水平。高通量测序技术不仅可以进行大规模基因组测序,还可用于基因表达分析、非编码小分子rna的鉴定、转录因子靶基因的筛选和dna甲基化等相关研究。国外在matepair大片段文库试剂盒的研制上技术平台已趋于成熟,但在国内尚处于研发初期,有很大的应用开发价值。
主要参考文献有:
2. 研究的基本内容和问题
本实验旨在对基因组中大片段重复序列以及一些有较大结构变化的序列解析,例如dna缺失以及倒置,常常通过相应的matepair文库读取的参考序列来辅助拼接。
主要解决的问题:
(1)提高序列打断后平末端的连接成功率;
3. 研究的方法与方案
本实验通过对高活性的酶进行筛选,同时优化反应体系的缓冲液,从而研制出准确高效的试剂盒。
其具体实验方案分为一下几步:
(1)基因组dna随机打断特定大小片段;
4. 研究创新点
一般的构建高通量测序文库的方法包括以下几步:
(1)将基因组dna片段化;
(2)将dna片段进行末端修复;
5. 研究计划与进展
2014.12-2015.1阅读文献、了解基因片段化以及环化等基本实验方法
2015.3-2015.4.调整酶浓度,优化反应体系中各类物质的种类和配比
2015.4-2015.5利用对不同基因组序列的测序实验,对试剂盒各项数据以及性能进行整体优化,得出整套试剂盒各部分的数据结论
