1. 研究目的与意义
前列腺癌是发生在前列腺的上皮性恶性肿瘤。前列腺癌是常见疾病之一,而且其发病率正在逐年增加。目前随着人们对于吸烟的控制,前列腺癌的发病率仅次于肺癌,成为第二大危险肿瘤,严重危害着人体健康。在我国,前列腺癌在泌尿生殖系统恶性肿瘤的发病率已经从第三位跃居首位,成为危害我国老年男性生命健康的重要疾病。随着分子生物学研究的迅速发展,对大多数肿瘤的发生和发展,在细胞水平变化和分子水平的变化上,人们都有了更深的认识。研究表明前列腺癌是一种十分复杂的癌症,其发生发展过程存在多因素、多基因相互作用,但其发病机制到目前为止知之甚少。
基因芯片(genechip)(又称dna芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上,所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析,从而解决了传统核酸印迹杂交(southernblotting和northernblotting等)技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。
本实验通过分析前列腺癌相关的基因芯片数据以获得相关特定信号通路,这些通路若经过进一步的实验验证,将为了解前列腺癌症发展的分子机制提供理论依据。
2. 研究内容和预期目标
主要研究内容:
本课题以前列腺癌基因表达谱数据为研究对象,通过对前列腺癌相关基因通路的文献进行检索,搜索出相关基因表达芯片,进行预处理,然后用不同的统计方法比较癌症样本和正常样本间基因表达的差异,并从基因和通路两个水平上寻找前列腺癌相关的分子特征标记,对表达的差异和相关机制进行分析。
预期目标:
3. 研究的方法与步骤
研究方法:
本课题通过检索各大基因表达谱数据库如arrayexpress和geneexpressionomnibus,收集前列腺癌基因表达芯片的数据。采用多种差异基因表达分析软件,包括most,ort,copa,os等,分别针对芯片数据寻找出在癌症样本中差异表达的基因。高度富集的通路找出来作为候选的前列腺癌标记通路。
步骤:
4. 参考文献
[1]xu,l.,d.geman,andr.l.winslow,large-scaleintegrationofcancermicroarraydataidentifiesarobustcommoncancersignature.bmcbioinformatics,2007.8:p.275.
[2]cahan,p.,etal.metaanalysisofmicroarrayresults:challenges,opportunities,andrecommendationsforstandardization.gene,2007.401(1-2):p.12-8.
[3]rhodes,d.r.,etal.,largescalemetaanalysisofcancermicroarraydataidentifiescommontranscriptionalprofilesofneoplastictransformationandprogression.procnatlacadsciusa,2004.101(25):p.9309-14.
5. 计划与进度安排
(1).2022-03-1~2022-03-09接受任务,按照指导教师要求查阅资料,撰写开题报告
(2).2022-03-10~2022-03-23进行数据收集,熟悉相关程序软件,数据的的预处理等。
(3).2022-03-24~2022-04-06不同统计方法寻找差异基因的效果比较;择优采用统计算法选出前列腺癌中差异表达基因;
