云南土壤宏基因组文库中头孢菌素类耐药基因的筛选开题报告

 2022-01-26 10:54:01

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

本课题的意义:我的课题是宏基因组文库中耐药基因的检测。

主要是通过研究庆大霉素,环丙沙星,氧氟沙星,四环素等六种抗生素在提取自云南的文库菌中产生的抗性作用检测出此宏基因组文库的耐药性基因。

国内外研究概况:由于所使用的抗生素在国内外均被普遍应用于日常生活,国外多所大学以及研究机构,国内诸多大学实验室都在做此项研究,也属于近年来新兴的一个研究课题应用前景:实验中使用的抗生素被广泛应用于生活,对人类生存有重大影响,该课题有很好的应用前景.参考文献:[1] grant s, grant wd, cowan da, et al. identification of eukaryoticopen reading frames in metagenomic cdna libraries made fromenvironmental samples. appl environ microbiol, 2006, 72(1):135-143.[2] taupp m, mewis k, hallam sj. the art and design of functionalmetagenomic screens. curr opin biotechnol, 2011, 22(3):465-472.[3] martinez a, kolvek sj, yip cl, et al. genetically modified bacterialstrains and novel bacterial artificial chromosome shuttle vectors forconstructing environmental libraries and detecting heterologousnatural products in multiple expression hosts. appl environ microbiol,2004, 70(4):2452-2463.[4] park sh, cheong de, lee jy, et al. analyses of the structuralorganization of unidentified open reading frames from metagenome.biochem biophys res commun, 2007, 356(4):961-967.[5] scholz mb, lo cc, chain ps. next generation sequencing andbioinformatic bottlenecks: the current state of metagenomic dataanalysis. curr opin biotechnol, 2012, 23(1):9-15.[6] lefevre f, robe p, jarrin c, et al. drugs from hidden bugs: theirdiscovery via untapped resources. res microbiol, 2008, 159(3):153-161.[7] mchardy ac, rigoutsos i. whats in the mix: phylogeneticclassification of metagenome sequence samples? curr opin microbiol,2007, 10(5):499-503.[8] rondon mr, august pr, bettermann ad, et al. cloning the soilmetagenome: a strategy for accessing the genetic and functionaldiversity of uncultured microorganisms. appl environ microb, 2000,66(6):2541-2547.[9] venter jc, remington k, heidelberg jf, et al. environmental genomeshotgun sequencing of the sargasso sea. science, 2004, 304 (5667):66-74.[10] gillespie de, brady sf, bettermann ad, et al. isolation of antibioticsturbomycin a and b from a metagenomic library of soil microbialdna. appl environ microbiol, 2002, 68(9):4301-4306.[11] banik jj, brady sf. cloning and characterization of new glycopeptidegene clusters found in an environmental dna megalibrary. proc natlacad sci u s a, 2008, 105(45):17273-17277.[12] hochmuth t, piel j. polyketide synthases of bacterial symbionts insponges--evolution-based applications in natural products research.phytochemistry, 2009, 70(15-16):1841-1849.[13] diaz-torres ml, mcnab r, spratt da, et al. novel tetracyclineresistance determinant from the oral metagenome. antimicrob agents chemother, 2003, 47(4):1430-1432.[14] 李翔, 秦岭, 戴世鲲, 等. 海洋微生物宏基因组工程进展与展望. 微生物学报(acta microbiologica sinica), 2007, 47(3):548553.

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2. 研究的基本内容和问题

研究目标:检测宏基因组文库中的耐药基因研究内容:宏基因文库:云南文库菌抗生素:庆大霉素,氧氟沙星,四环素等六种抗生素拟解决的关键问题:耐药基因的检测方法

3. 研究的方法与方案

研究方法:宏基因组技术技术路线:由实验室自己建立诱导引物,利用PCR技术扩增所提DNA片段,验证宏基因组文库中所筛选基因的耐药性实验方案:(1)24孔板筛选(2)获得阳性克隆(3)亚克隆构建(4)测序

4. 研究创新点

(1)利用宏基因组学功能筛选的策略,筛选克隆新型耐药基因基因,为未来发掘新型耐药机制提供了理论及技术支持(2)环境微生物宏基因组文库的建立将会对未来其他功能基因的发掘及分析提供必要的平台。

5. 研究计划与进展

希望通过实验检测出宏基因组中的耐药基因并且得到验证

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