白桦脂酸抗HIV靶点的分子对接研究开题报告

1. 研究目的与意义

白桦脂酸（ba）是一种五环三萜酸，存在于多种天然植物，特别是白桦树皮中，多年来的研究表明ba 具有诸多生物活性且毒性低，安全系数大。如抗肿瘤、抗 hiv、抗炎、抗菌、抗疟疾等，具有良好的开发前景。其来源主要有三种，包括从植物中提取(2) 以商品化供应、价格相对低廉的白桦脂醇为原料，经半合成路线制备；(3) 以白桦脂醇为原料，通过微生物发酵制备。

2. 研究内容和预期目标

研究内容：在查阅白桦脂酸相关文献的基础上，通过基于受体三维结构的分子对接技术（molecular docking），探索白桦脂酸与hiv蛋白酶的结合情况。具体内容包括：

（1）查阅并综述白桦脂酸的研究进展以及分子对接技术在天然产物领域的应用情况，设计出与白桦脂酸作用机理相关的受体-配体结合研究方案；

（2）通过autodock、pymol等软件计算白桦脂酸三维结构与特定蛋白受体之间的对接情况及结合能，确定白桦脂酸的作用靶点及氨基酸残基；

3. 研究的方法与步骤

利用分子对接技术计算出与白桦脂酸结合有着特异活性的抗hiv靶点。

1. 结构预处理 应用chemidraw 软件画出白桦脂酸的分子结构，并用chemi3d进行能量优化；在蛋白质 pdb 晶体结构数据库(ht-tp:/ /www. pdb. org)中找寻蛋白受体的结构；对接模拟前，将所有配体从蛋白受体复合物中去除，此时加上极性氢离子及电荷。最后与白桦脂酸进行分子对接。
2. autodock分子对接 运用 autodock 4. 0 预测白桦脂酸与蛋白受体的结合，用 au-togrid 计算格点能量，对接运算采用拉马克遗传算法，白桦脂酸与蛋白受体之间的结合情况用半经验的自由能计算方法评价。
3. 数据分析 分析与白桦脂酸结合的抗hiv蛋白中具有特异活性的类

4. 参考文献

[1] 徐军,王晋萍,钱辰旭,仇文卫,杨帆,汤杰.白桦脂酸的研究进展[j].生命科学,2011,23(05):503-510.

[2] 罗小民. 分子对接在药物设计中的应用. 博士学位论文. 中国科学院上海药物研究所

[3] 胡翠英, 郭伟强, 藏帅, 顾华杰, 蒋伟娜, 王桃云. 利用autodock预测苍术酮的潜在抗肿瘤靶点[j]. 生物技术, 2014,24(6): 60-63.

5. 计划与进度安排

（1）2022-12-25~2022-3-18（第1-2周）查阅文献、设计方案、完成开题报告。

（2）2022-3-19~2022-6-10（第3-14周）完成分子对接工作，总结研究结果。

（3）2022-6-11~2022-6-22（第15-16周）撰写毕业论文并答辩。