水稻自然群体中白叶枯抗性的GWAS分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

意义：水稻白叶枯病最早于1884年在日本福冈地区发现，之后在世界各地的水稻主产区发现。

其在亚洲稻区发病尤为严重，在中国发现水稻白叶枯病已经有百年历史。

在20世纪初，珠江三角洲地区就有报道，1950年在南京也发现了该病，目前在全国各主要稻区均有发现。

2. 研究的基本内容和问题

水稻白叶枯病是世界水稻生产中最严重的细菌性病害之一，给世界粮食安全带来巨大的威胁。

实践证明利用寄主抗性，种植抗病品种是防治该病最经济，有效和环保的途径，符合现代农业可持续发展的要求。

但是目前育成的大多数抗病品种具有相同或相似的遗传来源，其抗性遗传基础狭窄。

3. 研究的方法与方案

实验前期构建了由209份材料组成的自然群体，该群体代表了来自全国各地 的地方品种资源。

采用高通量测序技术对209份品种进行全基因组测序，获得了高质量的snp标记。

从全国各地收集分布广，致病型强，具有代表性的5个白叶枯病生理小种，分别为yn1、hen11、scyc-b、fuj、pxo99。

4. 研究创新点

全基因组关联分析（gwas）是将表型变异与全基因组范围内常见遗传变异总体关联的一种方法。

gwas是在全基因组层面上开展的大样本、反复验证的基因与表型的关联分析，可以全方位的揭示性发生、发展和调控的相关遗传机制。

全基因组关联分析基本原理是连锁不平衡，是指在某一群体中，不同座位上某两个等位基因出现在同一单元型上的频率与预期的随机频率之间存在明显差异的现象。

5. 研究计划与进展

1. 田间种植供试材料于2017年5月种植于南京农业大学江浦试验站，田间常规管理。

2. 病原菌种制备和接种病原菌的培养参照方中达等（1990）方法，在na培养基上培养，将5个供试小种的菌株分别移植到试管（直径=2 cm）斜面培养基，28 ℃下复壮72 h后，转移到新的培养基上，在相同条件下培养72 h。

接菌前，用ddh2o洗下菌落，混合均匀，调成109cuf/ml的细菌悬浮液。