基于PKS基因海芦笋内生真菌分离与鉴定开题报告

 2022-01-29 07:01

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

意义以及应用前景:传统以活性筛选和化学筛选或者二者的组合为主的真菌次级代谢产物的研究方法,常常导致已知化合物的不断重复发现,大大增加了新化合物的发现难度。

基于pks基因分析方法在产生聚酮化合物真菌菌株的筛选过程中,目标直接指向新化合物,大大降低了传统活性追踪方法研究过程中的重复性,提高了工作效率。

研究概况:与细菌、植物聚酮合酶相比,由于缺少有效的技术手段分离真菌中成簇存在的pks基因,使得通过克隆pks基因来了解真菌pks的结构难以实现,这制约了真菌pks的研究。

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2. 研究的基本内容和问题

研究内容以及目标:以pks基因为指标,采用平板划线、斜面纯化分离术分离真菌,通过pcr扩增18s和its rdna目标序列,同源性分析并构建系统发育树,结合心态学观察,鉴定菌株种属。

通过pks系统发育树的构建,尝试推测其可能产生的代谢产物。

拟解决关键问题:pcr产物的回收与克隆系统发育分析

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3. 研究的方法与方案

研究方法:18s和ITS同源性分析结合形态学观察确定种属,PCR扩增rDNA,PKS系统发育分析推测可能产生的次级代谢产物。

技术路线和实验方案:内生真菌的分离培养内生真菌的形态学观察基因组DNA的提取PKSs基因片段的PCR扩增18S rDNA基因片段的PCR 扩增ITS rDNA基因片段的PCR扩增PCR 产物的回收和克隆系统发育树构建与分析

4. 研究创新点

在内生真菌的研究过程中,菌株来源和有效的筛选方法是决定能否发现新型活性物质的关键。

常用的筛选方法是基于活性筛选和化学筛选或者二者的组合,这些方法在微生物次级代谢产物研究的过程中,曾经发挥过巨大的作用,筛选到许多盛产活性物质的菌株,但是随着研究的深入,这些筛选方法固有的缺陷也逐渐显现出来,最为突出的问题是在新化合物筛选的过程中,已知微生物和已知化合物不断重复发现,大大增加了新化合物发现的难度,造成了巨大浪费,这已经成为植物内生真菌研究过程中的最主要的制约因素。

本次试验方法是直接以pks基因为导向的直接针对基因的发现新型次级代谢产物的方法,节约了研究资源,降低了试验难度并提供了一种有益思路。

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5. 研究计划与进展

2013年6月到2013年12月,完成内生真菌的分离培养,内生真菌的形态学观察,基因组DNA的提取,PKSs基因片段的PCR扩增,18S 和ITS rDNA基因片段的PCR 扩增以及PCR 产物的回收和克隆工作。

2014年1月到2014年3月底,完成系统发育树,同源性分析以及纠错和撰写论文工作

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